Sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp, công nhân quốc phòng, viên chức quốc phòng đang hưởng lương theo quy định tại Nghị định số 204/2004/NĐ-CP ngày 14 tháng 12 năm 2004 và Nghị định số 19/2017/NĐ-CP ngày 24 tháng 02 năm 2017 của Chính phủ, có thời gian phục vụ trong lực lượng thường trực của Quân đội đủ 5 năm (đủ 60 tháng) thì được hưởng phụ cấp thâm niên bằng 5% mức lương hiện hưởng cộng phụ cấp chức vụ lãnh đạo và phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có); từ năm thứ 6 trở đi mỗi năm (12 tháng) được tính thêm 1%.

Thời gian tính hưởng phụ cấp thâm niên gồm: Thời gian phục vụ trong lực lượng thường trực của Quân đội; thời gian hưởng phụ cấp thâm niên ở các ngành, nghề khác (bao gồm: công an, cơ yếu, hải quan, tòa án, kiểm sát, kiểm toán, thanh tra, thi hành án dân sự, kiểm lâm, kiểm tra Đảng, nhà giáo, dự trữ quốc gia và các ngành, nghề khác được Chính phủ quy định) được cộng dồn với thời gian phục vụ trong lực lượng thường trực của Quân đội. Thời gian tính hưởng phụ cấp thâm niên nếu có đứt quãng thì được cộng dồn. Trong cùng một thời điểm làm việc, được hưởng nhiều loại phụ cấp thâm niên (của nhiều ngành, nghề khác nhau) thì chỉ được hưởng một loại phụ cấp thâm niên.

Thời gian không được tính hưởng phụ cấp thâm niên là thời gian bị tạm đình chỉ công tác hoặc bị tạm giữ, tạm giam để phục vụ cho công tác điều tra, truy tố, xét xử; thời gian chấp hành hình phạt tù giam; thời gian đào ngũ; thời gian nghỉ việc riêng không hưởng lương liên tục từ 01 tháng trở lên; thời gian nghỉ ốm đau, thai sản vượt quá thời hạn quy định của pháp luật về bảo hiểm xã hội.

Chế độ phụ cấp thâm niên đối với công nhân quốc phòng và viên chức quốc phòng được hưởng kể từ ngày 01 tháng 7 năm 2016. Viên chức quốc phòng khi được hưởng phụ cấp thâm niên theo quy định tại Thông tư này thì vẫn tiếp tục được hưởng phụ cấp phục vụ quốc phòng, an ninh quy định tại điểm đ khoản 8 Điều 6 Nghị định số 204/2004/NĐ-CP ngày 14 tháng 12 năm 2004 của Chính phủ về chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức và lực lượng vũ trang.

Về kinh phí bảo đảm, đối với đơn vị dự toán, kinh phí chi trả phụ cấp thâm niên do Ngân sách Quốc phòng đảm bảo và hạch toán vào Mục 6100, Tiểu mục 6115, Tiết mục: 10 (Sĩ quan), 20 (Quân nhân chuyên nghiệp), 30 (Công nhân quốc phòng), 40 (Viên chức quốc phòng); Ngành 00 “Phụ cấp thâm niên khác”. Đối với đơn vị sự nghiệp công lập, kinh phí chi trả phụ cấp thâm niên được hạch toán vào nguồn kinh phí của đơn vị theo quy định tại Nghị định số 16/2015/NĐ-CP ngày 14 tháng 02 năm 2015 của Chính phủ quy định về cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập và các quy định của pháp luật về cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập. Đối với doanh nghiệp, kinh phí chi trả phụ cấp thâm niên được hạch toán vào các khoản chi được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế của doanh nghiệp (được hạch toán bổ sung phần tăng thêm do truy lĩnh từ ngày 01 tháng 7 năm 2016).