(1) Khoản 1 Điều 3 Nghị định số 362/2025/NĐ-CP quy định:

“1. Người nộp phí, lệ phí thực hiện khai (nếu có), nộp phí, lệ phí theo tháng, quý, năm hoặc theo từng lần phát sinh. Căn cứ tính chất, đặc điểm của từng khoản phí, lệ phí và tình hình thực tế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 2 Điều 4 Luật Phí và lệ phí quy định cụ thể hình thức nộp, kỳ khai, nộp phí, lệ phí cho phù hợp.

Người nộp phí, lệ phí nộp tiền phí, lệ phí vào ngân sách nhà nước theo một trong các quy định sau đây:

a) Nộp trực tiếp tại Kho bạc Nhà nước.

b) Nộp cho tổ chức thu phí, lệ phí bằng tiền mặt hoặc theo hình thức không dùng tiền mặt vào tài khoản chuyên thu phí, lệ phí của tổ chức thu phí, lệ phí mở tại tổ chức tín dụng hoặc tài khoản phí chờ nộp ngân sách nhà nước của tổ chức thu phí mở tại Kho bạc Nhà nước.

c) Nộp cho cơ quan, tổ chức khác với tổ chức thu phí, lệ phí, áp dụng đối với trường hợp thực hiện thủ tục hành chính, cung cấp dịch vụ công trực tuyến theo quy định của Chính phủ về thực hiện cơ chế một cửa, một cửa liên thông trong giải quyết thủ tục hành chính.”

Theo đó, Nghị định đã bổ sung hình thức nộp thông qua tổ chức trung gian đối với trường hợp thực hiện thủ tục hành chính, cung cấp dịch vụ công trực tuyến để phù hợp với yêu cầu chuyển đổi số theo chỉ đạo của Bộ Chính trị tại Nghị quyết số 57-NQ/TW ngày 22/12/2024 về đột phá phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số quốc gia. Đồng thời, Nghị định số 362/2025/NĐ-CP cũng đã quy định rõ người nộp phí, lệ phí nộp tiền phí, lệ phí vào ngân sách nhà nước để bảo đảm đồng bộ với pháp luật về quản lý thuế.

(2) Một điểm mới nổi bật của Nghị định số 362/2025/NĐ-CP là quy định cụ thể trách nhiệm của cơ quan, tổ chức nhận tiền phí, lệ phí trong trường hợp quy định tại điểm c khoản 1 Điều 3 là phải chuyển toàn bộ số tiền phí, lệ phí thu được vào tài khoản thu ngân sách nhà nước mở tại Kho bạc Nhà nước hoặc nộp vào tài khoản chuyên thu phí, lệ phí của tổ chức thu phí, lệ phí mở tại tổ chức tín dụng hoặc nộp vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách nhà nước của tổ chức thu phí mở tại Kho bạc Nhà nước trong thời hạn 24 giờ kể từ thời điểm nhận được tiền phí, lệ phí. Điều này đã làm rõ trách nhiệm pháp lý và thời hạn xử lý tiền phí, lệ phí trong trường hợp thu qua khâu trung gian.

(3) Khoản 3 Điều 3 Nghị định số 362/2025/NĐ-CP quy định rõ hơn việc khai, nộp phí, lệ phí và quyết toán phí thu được của tổ chức thu phí, lệ phí (trừ trường hợp cơ quan đại diện nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam ở nước ngoài thu) cụ thể như sau:

a) Tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước quy định tại điểm a, điểm c khoản 2 Điều 2 Nghị định số 362/2025/NĐ-CP và tổ chức thu lệ phí quy định tại khoản 2 Điều 2 Nghị định số 362/2025/NĐ-CP thực hiện khai, nộp phí, lệ phí vào ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Riêng tổ chức thu phí hải quan, lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh không phải khai phí, lệ phí và thực hiện nộp phí, lệ phí theo quy định tại điểm b khoản 3 Nghị định số 362/2025/NĐ-CP.

b) Tổ chức thu phí quy định tại điểm b khoản 2 Điều 2 Nghị định số 362/2025/NĐ-CP và tổ chức thu phí không phải là cơ quan nhà nước quy định tại điểm c khoản 2 Điều 2 Nghị định này thực hiện nộp toàn bộ số tiền phí thu được của tháng trước, bao gồm cả khoản tiền lãi phát sinh vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách nhà nước chậm nhất ngày 05 hằng tháng.

Tổ chức thu phí thực hiện khai số tiền phí thu được của tháng trước theo quy định pháp luật về quản lý thuế và nộp số tiền phí còn phải nộp từ tài khoản phí chờ nộp ngân sách nhà nước vào ngân sách nhà nước chậm nhất ngày 20 hằng tháng.

Trường hợp cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 2 Điều 4 Luật Phí và lệ phí có quy định về thời hạn tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu được trong kỳ vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách hoặc tài khoản thu ngân sách nhà nước định kỳ hằng ngày hoặc hằng tuần thì thực hiện theo quy định đó.

c) Hằng năm, tổ chức thu phí thực hiện quyết toán số tiền phí thu được theo quy định pháp luật về quản lý thuế.

(4) Bổ sung việc xử lý tiền chậm nộp, nộp thừa tại khoản 6 Điều 3 Nghị định số 362/2025/NĐ-CP, tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện tính tiền chậm nộp, xử lý số tiền phí, lệ phí nộp thừa, kiến nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền thực hiện một số biện pháp cưỡng chế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Đây là một số điểm mới về khai, thu, nộp phí, lệ phí của Nghị định số 362/2025/NĐ-CP so với Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 82/2023/NĐ-CP./.