Hoạt động nạo vét phải tuân thủ các quy của pháp luật nhằm bảo đảm an toàn hàng hải, an ninh hàng hải, trật tự an toàn giao thông đường thủy nội địa, phòng ngừa ô nhiễm môi trường, đảm bảo an toàn cộng đồng dân cư, hệ thống công trình đê điều, thủy lợi, phòng chống thiên tai, phòng chống sạt lở lòng, bờ, bãi sông và không ảnh hưởng đến kết cấu hạ tầng hàng hải, giao thông đường thủy nội địa và các công trình khác.

Không thực hiện các hoạt động nạo vét trong vùng nước cảng biển, vùng nước đường thủy nội địa mà các hoạt động đó có thể gây cản trở hoạt động tránh trú của tàu thuyền vào mùa lũ lụt, khi có thiên tai xảy ra.

Trước khi tiến hành hoạt động nạo vét, đơn vị thi công nạo vét thông báo kế hoạch triển khai thực hiện (thời gian, tiến độ thi công, quy mô công trình, chủng loại và số lượng phương tiện thi công, hình thức thực hiện) đến cơ quan quản lý chuyên ngành (Cảng vụ Hàng hải khu vực, cơ quan quản lý đường thủy nội địa khu vực), chính quyền địa phương nơi có công trình và có bảng niêm yết tại công trường trong suốt quá trình thi công. Bảng niêm yết thể hiện các nội dung về cơ quan phê duyệt, chủ đầu tư, nhà đầu tư, tổ chức tư vấn giám sát, đơn vị thi công, quy mô công trình, tiến độ thi công, thời gian bắt đầu thi công, thời gian hoàn thành, nguồn vốn thực hiện, hình thức thực hiện.

Các dự án nạo vét cơ bản thuộc đường thủy nội địa phải được Bộ Tài nguyên và Môi trường hoặc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh chấp thuận phương án thực hiện theo quy định của pháp luật về tài nguyên nước. Trường hợp các dự án nạo vét cơ bản thuộc đường thủy nội địa có đê còn phải lấy ý kiến của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quản lý; đối với dự án nạo vét cơ bản ở các tuyến đường thủy nội địa có đê từ cấp III đến cấp đặc biệt hoặc thuộc địa bàn từ 02 tỉnh trở lên, phải lấy ý kiến của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trước khi phê duyệt dự án.

Chất nạo vét phải được quản lý theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường, pháp luật về đất đai, pháp luật về tài nguyên, môi trường biển và hải đảo và các quy định khác có liên quan của pháp luật.

Chủ đầu tư, nhà đầu tư công trình nạo vét trong vùng nước cảng biển và vùng nước đường thủy nội địa chịu trách nhiệm tổ chức giám sát công tác thi công, đổ chất nạo vét trong suốt thời gian từ khi bắt đầu đến khi kết thúc hoạt động nạo vét, bao gồm và không giới hạn bởi các nội dung sau: Tổ chức giám sát chặt chẽ phương tiện thi công nạo vét đảm bảo thi công đúng phạm vi, thiết kế công trình; Tổ chức giám sát chặt chẽ phương tiện vận chuyển đổ chất nạo vét, hành trình của các phương tiện và nhận chìm chất nạo vét, đổ thải ở biển tại vị trí được cơ quan có thẩm quyền cấp phép phê duyệt; Tổ chức kiểm tra, giám sát lắp đặt, duy trì hoạt động hệ thống giám sát nạo vét, tổ chức quản lý dữ liệu của hệ thống giám sát nạo vét và được kết nối với hệ thống giám sát của cơ quan có thẩm quyền để đáp ứng yêu cầu quản lý, kiểm tra giám sát, tra cứu dữ liệu khi có yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền; Tổ chức giám sát thi công nạo vét bảo đảm các yêu cầu về an toàn, bảo vệ môi trường và các yêu cầu khác theo quy định pháp luật.

Trước khi tiến hành hoạt động nạo vét, chủ đầu tư, nhà đầu tư phải xây dựng phương án bảo đảm an toàn giao thông trình cơ quan có thẩm quyền xem xét phê duyệt.

Các dự án nạo vét cơ bản trong vùng nước cảng biển và vùng nước đường thủy nội địa phải được đánh giá tác động môi trường theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường.

Đối với các dự án, công trình nạo vét duy tu với khối lượng thực hiện hàng năm có tính quy luật, việc đánh giá tác động môi trường hoặc kế hoạch bảo vệ môi trường được thực hiện theo thời hạn từng năm hoặc theo chu kỳ đến 05 năm.  

Đối với hoạt động nạo vét liên quan đến quốc phòng, an ninh, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, Bộ trưởng Bộ Công an căn cứ chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn để quy định cụ thể cơ chế quản lý. Nội dung của cơ chế quản lý hoạt động nạo vét phải bao gồm cả cơ chế phối hợp giữa các lực lượng chức năng của Bộ Quốc phòng, Bộ Công an với các cơ quan quản lý nhà nước có liên quan để đảm bảo an toàn trong hoạt động hàng hải hoặc đường thủy nội địa.