Nghị định quy định về thủ tục, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa quá cảnh thông qua Hệ thống quá cảnh Hải quan ASEAN (sau đây gọi là Hệ thống ACTS); chế độ ưu tiên đối với doanh nghiệp thực hiện hoạt động quá cảnh hàng hóa, bảo lãnh, đặt cọc và thu hồi nợ thuế hải quan đối với hàng hóa quá cảnh thông qua Hệ thống ACTS.

Quy định chính sách áp dụng đối với hàng hóa quá cảnh thông qua Hệ thống ACTS: Hàng hóa quá cảnh thông qua Hệ thống ACTS xuất phát từ Việt Nam, quá cảnh qua các nước thành viên ASEAN khác phải tuân thủ chính sách quản lý đối với hàng hóa quá cảnh của nước quá cảnh; Hàng hóa quá cảnh thông qua Hệ thống ACTS qua các nước thành viên ASEAN khác và nhập khẩu vào Việt Nam phải tuân thủ chính sách quản lý đối với hàng hóa quá cảnh của các nước thành viên khác và chính sách quản lý đối với hàng hóa nhập khẩu của pháp luật có liên quan của Việt Nam; Hàng hóa quá cảnh thông qua Hệ thống ACTS qua Việt Nam phải tuân thủ chính sách quản lý đối với hàng hóa quá cảnh theo quy định của pháp luật có liên quan; Hàng hóa quá cảnh thông qua Hệ thống ACTS qua lãnh thổ Việt Nam chuyển tiêu thụ nội địa tại Việt Nam thì thực hiện thủ tục chuyển tiêu thụ nội địa theo quy định hiện hành của pháp luật về hải quan.

Chi cục trưởng Chi cục hải quan căn cứ kết quả phân luồng của Hệ thống ACTS và các thông tin liên quan đến hàng hóa quá cảnh (nếu có) để quyết định kiểm tra hồ sơ hải quan và/hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa. Việc kiểm tra thực tế hàng hóa được thực hiện bằng máy móc, thiết bị kỹ thuật, trường hợp Chi cục hải quan chưa được trang bị máy móc, thiết bị kỹ thuật hoặc việc kiểm tra bằng máy móc, thiết bị kỹ thuật chưa đủ cơ sở xác định được thực tế hàng hóa hoặc hàng hóa có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì công chức hải quan trực tiếp thực hiện kiểm tra thực tế.

Quy định các địa điểm thực hiện và thủ tục hải quan đối với hàng hóa quá cảnh như: qua các nước thành viên ASEAN và nhập khẩu vào Việt Nam thì thực hiện tại Chi cục hải quan cửa khẩu nhập đầu tiên, Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu. Nếu hàng hóa thuộc danh mục hàng hóa nhập khẩu phải làm thủ tục tại cửa khẩu nhập theo quy định của Thủ tướng Chính phủ, thủ tục hải quan đối với hàng hóa quá cảnh thông qua Hệ thống ACTS kết thúc tại Chi cục hải quan cửa khẩu nhập đầu tiên; Hàng hóa xuất phát từ Việt Nam quá cảnh qua các nước thành viên ASEAN khác thực hiện tại Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu, Chi cục hải quan cửa khẩu xuất;…. Hàng hóa quá cảnh thông qua Hệ thống ACTS chỉ được đưa từ Việt Nam đến các nước thành viên ASEAN hoặc đưa từ các nước thành viên ASEAN vào Việt Nam qua các cửa khẩu quốc tế: Cầu Treo (Hà Tĩnh), Lao Bảo (Quảng Trị), Mộc Bài (Tây Ninh). 

 Quy định các nguyên tắc hoạt động của Hệ thống ACTS: phải tuân thủ các quy định của pháp luật về bảo vệ bí mật nhà nước, bảo vệ bí mật thương mại, bí mật kinh doanh và các quy định có liên quan đối với các giao dịch điện tử được thực hiện thông qua Hệ thống ACTS; Đảm bảo tính chính xác, khách quan, đầy đủ và kịp thời; Đảm bảo an toàn thông tin đáp ứng theo quy định tại Nghị định số 85/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 về bảo đảm an toàn hệ thống thông tin theo cấp độ; Tạo thuận lợi cho cá nhân, tổ chức trong và ngoài nước khi thực hiện thủ tục quá cảnh thông qua Hệ thống ACTS.

 Quy định chế độ ưu tiên đối với doanh nghiệp quá cảnh: Doanh nghiệp được hưởng chế độ ưu tiên như miễn bảo lãnh, miễn xuất trình TAD, xuất trình hàng hóa tại cơ quan hải quan, miễn kiểm tra hồ sơ hải quan, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa,…. khi doanh nghiệp đáp ứng đủ các điều kiện về trụ sở, mức độ sử dụng thủ tục quá cảnh, chấp hành tốt pháp luật kiểm toán, hải quan, thuế, lưu giữ hồ sơ hải quan, sổ sách, chứng từ kế toán và các chứng từ khác liên quan, sử dụng niêm phong đặc biệt và có quyết định công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên. Thời hạn được hưởng chế độ ưu tiên là 36 tháng kể từ ngày ban hành quyết định công nhận được ưu tiên.

Bên cạnh đó, doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên phải có trách nhiệm tuân thủ pháp luật hải quan, pháp luật thuế, thực hiện chế độ báo cáo hằng năm theo mẫu do Bộ Tài chính ban hành gửi Tổng cục Hải quan chậm nhất ngày 20/01 của năm tiếp theo hoặc báo cáo đột xuất theo yêu cầu của cơ quan hải quan, thực hiện việc tự kiểm tra, phát hiện, khắc phục sai sót, báo cáo cơ quan hải quan; duy trì các điều kiện doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên theo quy định.

Việc thu phí, lệ phí tại Việt Nam đối với hàng hóa quá cảnh thông qua Hệ thống ACTS thực hiện theo quy định của pháp luật về phí, lệ phí. Hàng hóa quá cảnh thông qua Hệ thống ACTS qua lãnh thổ Việt Nam chuyển tiêu thụ nội địa tại Việt Nam thì thực hiện thủ tục chuyển tiêu thụ nội địa theo quy định hiện hành của pháp luật về hải quan. Thời hạn thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa quá cảnh thông qua Hệ thống ACTS thực hiện theo quy định tại Điều 23 Luật Hải quan.

Nghị định có hiệu lực thi hành từ ngày 01/6/2020.