Theo đó, Thông tư quy định về tổ chức thu, nộp ngân sách nhà nước như sau:

- Thu phí và lệ phí trong lĩnh vực ngoại giao:Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài thực hiện thu, nộp, quản lý và sử dụng các nguồn thu theo quy định tại Thông tư số 264/2016/TT-BTC ngày 14 tháng 11 năm 2016 của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí, lệ phí trong lĩnh vực ngoại giao áp dụng tại các Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài và quy định tại Thông tư này. Việc kê khai phí, lệ phí do Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài thu thực hiện theo quy định tại Nghị định của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật quản lý thuế.

- Các khoản thu khác theo quy định của pháp luật: Các khoản thu khác phát sinh tại Cơ quan Việt Nam ở nước ngoài được quản lý thu, nộp và sử dụng như sau:

Đối với các khoản thu hoàn thuế giá trị gia tăng: Các Cơ quan Việt Nam ở nước ngoài được sử dụng 100% để hoàn trả kinh phí cơ quan, hạch toán giảm chi các tiểu mục chi tương ứng nếu được hoàn trả cùng niên độ. Trường hợp được hoàn trả khác niên độ (sau ngày 31/1 năm sau) thực hiện như sau: Nếu chi từ nguồn kinh phí giao thực hiện chế độ tự chủ thì được sử dụng 100% để hoàn trả kinh phí cơ quan, hạch toán giảm chi các tiểu mục chi tương ứng. Nếu chi từ nguồn kinh phí giao không thực hiện chế độ tự chủ thì nộp vào Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước tại Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài (sau đây viết tắt là Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước).

Đối với thu lãi tiền gửi ngân hàng; thu từ các tổ chức, cá nhân bồi thường khi tài sản của cơ quan bị thiệt hại: Nộp 100% vào Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước.

Đối với các khoản thu hoạt động dịch vụ nhà khách, phòng trọ, cho thuê nhà có thời hạn đối với các tổ chức, cá nhân: số tiền thu được sau khi trừ các khoản chi phí phát sinh phục vụ trực tiếp cho các hoạt động thu, nếu còn chênh lệch thu lớn hơn chi nộp toàn bộ vào Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước hàng tháng, trước ngày 10 tháng sau tháng phát sinh khoản thu.

Đối với các khoản tiền tài trợ các hoạt động, sự kiện của Cơ quan Việt Nam ở nước ngoài của các tổ chức cá nhân: Sau khi thực hiện chi theo các cam kết tài trợ (nếu có) hoặc các hoạt động, sự kiện được tài trợ, phần kinh phí còn dư (nếu có) nộp vào Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước.

-. Tiền thu được từ bán trụ sở làm việc, cơ sở hoạt động sự nghiệp, nhà riêng Đại sứ; thanh lý nhà, công trình và tài sản khác thuộc trụ sở làm việc, cơ sở hoạt động sự nghiệp, nhà ở, nhà riêng Đại sứ; bán, thanh lý ô tô, phương tiện vận tải khác; thanh lý máy móc, thiết bị và các tài sản khác nộp vào Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước sau khi trừ các chi phí liên quan.

- Quản lý Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước:

Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước là một bộ phận của Quỹ Ngân sách nhà nước, được hình thành từ các nguồn thu của ngân sách nhà nước phát sinh tại các Cơ quan Việt Nam ở nước ngoài, gồm số tiền thu được từ phí, lệ phí và các khoản thu phải nộp ngân sách nhà nước khác theo quy định.

Các khoản thu của ngân sách nhà nước phát sinh tại Cơ quan Việt Nam ở nước ngoài phải nộp kịp thời vào Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước. Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài được sử dụng Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước để đảm bảo kinh phí hoạt động thường xuyên và kinh phí chi đầu tư xây dựng cơ bản theo dự toán được cấp có thẩm quyền phê duyệt; mức rút kinh phí theo kế hoạch, tiến độ thực hiện và tối đa không vượt quá dự toán ngân sách nhà nước được giao và trong phạm vi số dư Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước.

Loại tiền thu chi Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước: Đô la Mỹ hoặc tiền địa phương theo quy định của pháp luật nước sở tại.

Chế độ báo cáo số dư Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước:Định kỳ hàng tháng, quý, năm, Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài báo cáo Bộ Ngoại giao số dư Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước theo biểu mẫu số 1a; Bộ Ngoại giao tổng hợp báo cáo Bộ Tài chính theo biểu mẫu số 1b. Thời hạn Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài gửi báo cáo về Bộ Ngoại giao: Báo cáo hàng tháng: Trước ngày 10 tháng sau; báo cáo hàng quý: Trước ngày 15 tháng đầu của quý sau; báo cáo hàng năm: Trước ngày 25/1 năm sau.Thời hạn Bộ Ngoại giao tổng hợp, gửi báo cáo về Bộ Tài chính: Báo cáo hàng tháng: Trước ngày 20 tháng sau; báo cáo hàng quý: Trước ngày 20 tháng đầu của quý sau; báo cáo hàng năm: Trước ngày 31/1 năm sau.

Các Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài có số dư Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước quý trên 20.000 USD hoặc tương đương, có trách nhiệm chuyển toàn bộ số dư về Quỹ Ngoại tệ tập trung của ngân sách nhà nước tại Kho bạc Nhà nước hàng quý trước ngày 30 tháng đầu của quý sau. Đối với các Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài có số dư quý Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước từ 20.000 USD hoặc tương đương trở xuống, có trách nhiệm chuyển số dư sang quý sau theo dõi. Đối với số phát sinh Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước quý IV đến hết ngày 20 tháng 12 và số dư Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước quý III chuyển sang (nếu có), Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài chuyển về Quỹ Ngoại tệ tập trung của ngân sách nhà nước tại Kho bạc Nhà nước trước ngày 25 tháng 12 năm thực hiện. Số thu phát sinh sau ngày 20 tháng 12, Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài tổng hợp vào số thu và nộp vào ngân sách nhà nước quý I năm sau. Đối với các địa bàn khó khăn trong việc chuyển ngoại tệ hoặc chuyển tiền ra nước ngoài, Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài có trách nhiệm chuyển số dư Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước về Quỹ Ngoại tệ tập trung của ngân sách nhà nước tại Kho bạc Nhà nước trước ngày 25 tháng 12 năm thực hiện. Căn cứ tình hình thực tế của các địa bàn, Bộ Ngoại giao quy định danh mục các Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài khó khăn trong việc chuyển ngoại tệ, thông báo đến các Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài và Kho bạc Nhà nước để thực hiện. Hàng năm, Bộ Ngoại giao có trách nhiệm rà soát để sửa đổi, bổ sung danh mục này cho phù hợp với tình hình thực tế.

Người đứng đầu Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài chịu trách nhiệm trong việc quản lý các khoản thu, chi Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước đúng quy định. Bộ Ngoại giao có trách nhiệm kiểm tra và báo cáo theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước, Luật Kế toán và các văn bản hướng dẫn Luật.