Theo Nghị định, cấp độ an ninh hàng hải được phân chia thành 03 cấp, gồm: Cấp độ 1: Là cấp độ thông thường, yêu cầu áp dụng các biện pháp an ninh tối thiểu trong điều kiện hoạt động bình thường của tàu biển, giàn di động hoặc cơ sở cảng; Cấp độ 2: Là cấp độ cao, yêu cầu áp dụng các biện pháp an ninh cao hơn trong thời gian có nguy cơ cao về sự cố an ninh đối với tàu biển, giàn di động hoặc cơ sở cảng; Cấp độ 3: Là cấp độ đặc biệt, yêu cầu áp dụng các biện pháp an ninh đặc biệt trong thời gian có thể hoặc sắp xảy ra sự cố an ninh đối với tàu biển, giàn di động hoặc cơ sở cảng.

Duy trì và thay đổi cấp độ an ninh hàng hải: Cấp độ 1 được duy trì thường xuyên trên các tàu biển Việt Nam, giàn di động và tại các cơ sở cảng Việt Nam. Các cấp độ an ninh hàng hải có thể thay đổi theo thứ tự từ cấp độ 1 lên cấp độ 2 và cấp độ 3 hoặc cũng có thể chuyển trực tiếp từ cấp độ 1 lên cấp độ 3, tùy theo điều kiện, hoàn cảnh thực tế. Cấp độ 3 chỉ áp dụng trong thời gian có thông tin đáng tin cậy, nhận biết rõ sự cố an ninh có thể hoặc sắp xảy ra đối với tàu biển, giàn di động hoặc cơ sở cảng. Việc thay đổi cấp độ an ninh hàng hải phải được thực hiện theo công bố của cơ quan, tổ chức có thẩm quyền và được thông báo kịp thời cho các cơ quan, tổ chức và cá nhân có liên quan theo quy định tại Nghị định này và các quy định khác có liên quan của pháp luật.

Theo quy định, việc tiếp nhận, xử lý và truyền phát thông tin về cấp độ an ninh hàng hải được thực hiện theo quy trình sau: Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển có trách nhiệm  thông báo về cấp độ, sự thay đổi về cấp độ an ninh hàng hải cho Trung tâm Thông tin an ninh hàng hải (Trung tâm).

Ngay sau khi nhận được các thông tin quy định trên, Trung tâm phải chuyển tiếp các thông tin đó đến các tổ chức, cá nhân sau: Cảng vụ hàng hải, Cảng vụ đường thủy nội địa; cán bộ an ninh của chủ tàu; cơ quan có thẩm quyền của quốc gia có liên quan, đồng thời thông báo cho Cục Lãnh sự thuộc Bộ Ngoại giao (Cục Lãnh sự).

Trong trường hợp Trung tâm không thể liên lạc được với cơ quan có thẩm quyền của quốc gia mà tàu biển hoặc giàn di động mang cờ quốc tịch thì sẽ thông qua Cục Lãnh sự để thông báo cho các cơ quan có liên quan của quốc gia đó biết.

Xử lý ngay sau khi nhận được thông tin do Trung tâm truyền phát. Cụ thể, các Cảng vụ hàng hải, Cảng vụ đường thủy nội địa phải thông báo cho cán bộ an ninh của cơ sở cảng và tàu biển, giàn di động dự kiến sẽ đến hoặc đang hoạt động tại cơ sở cảng thuộc khu vực quản lý, Bộ đội Biên phòng cửa khẩu cảng hoặc Công an cửa khẩu cảng. Cán bộ an ninh của chủ tàu phải thông báo cho sĩ quan an ninh tàu biển do mình quản lý biết để áp dụng cấp độ an ninh hàng hải cho tàu biển, giàn di động.

Các tàu biển, giàn di động và cơ sở cảng phải triển khai kế hoạch an ninh đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt.

Nghị định cũng quy định rõ việc tiếp nhận, xử lý và truyền phát thông tin an ninh hàng hải giữa Trung tâm, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển, Bộ Công an và các cơ quan có liên quan với các chủ cơ sở cảng, chủ tàu phải bảo đảm thông suốt 24/24 giờ trong ngày, kịp thời, chính xác, đúng quy định của pháp luật về bảo mật, bằng các phương thức phù hợp (điện thoại, fax, email, bưu chính). Địa chỉ liên lạc thực hiện theo danh mục thông tin liên lạc an ninh hàng hải do Cục Hàng hải Việt Nam thông báo.