Nghị định này quy định về hành vi vi phạm, hình thức xử phạt, mức xử phạt, biện pháp khắc phục hậu quả đối với hành vi vi phạm hành chính, thẩm quyền xử phạt và thẩm quyền lập biên bản vi phạm hành chính trong lĩnh vực phân bón.

Đối với mỗi hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực phân bón, tổ chức, cá nhân phải chịu một trong các hình thức xử phạt chính là cảnh cáo hoặc phạt tiền. Tùy theo tính chất, mức độ vi phạm, tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm còn có thể bị áp dụng các hình thức xử phạt bổ sung khác.

Mức phạt tiền tối đa cho một hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực phân bón đối với cá nhân là 100.000.000 đồng, đối với tổ chức là 200.000.000 đồng.

Mức phạt tiền quy định tại Nghị định này là mức phạt được áp dụng đối với hành vi vi phạm hành chính do cá nhân thực hiện. Đối với tổ chức có cùng hành vi vi phạm, mức phạt tiền gấp 02 lần mức phạt tiền đối với cá nhân.

Nghị định quy định phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng đối với một trong các hành vi vi phạm: không có khu vực chứa nguyên liệu và khu vực thành phẩm riêng biệt; không có kệ hoặc bao lót để xếp đặt phân bón thành phẩm; không thực hiện báo cáo tình hình sản xuất, xuất nhập khẩu phân bón định kỳ trong 2 năm liên tiếp hoặc không thực hiện báo cáo đột xuất khi có yêu cầu của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền; không có phòng thử nghiệm được công nhận mà không có hợp đồng với tổ chức thử nghiệm được chỉ định để đánh giá các chỉ tiêu chất lượng phân bón do mình sản xuất ra. 

Đối với một trong các hành vi vi phạm: Người trực tiếp quản lý, điều hành sản xuất phân bón không có trình độ đại học trở lên một trong các chuyên ngành về lĩnh vực trồng trọt, bảo vệ thực vật, nông hóa thổ nhưỡng, nông học, hóa học, sinh học; không tuân thủ thời hạn thu hồi phân bón theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền thì sẽ bị phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng; phạt tiền từ 15.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng đối với một trong các hành vi vi phạm: Không lưu mẫu sản phẩn của từng lô phân bón xuất xưởng theo quy định về thời gian bảo quản mẫu lưu; không lưu hồ sơ kết quả thử nghiệm theo quy định về thời gian của từng lô phân bón sản xuất đã xuất xưởng; không có hệ thống quản lý chất lượng phù hợp với ISO 9001 hoặc tương đương (trừ cơ sở mới thành lập chưa tròn 1 năm kể từ ngày thành lập; cơ sở chỉ hoạt động đóng gói phân bón). 

Phạt tiền từ 20.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng đối với hành vi sử dụng dây chuyền, máy móc thiết bị sản xuất từ khâu xử lý nguyên liệu đến sản phẩm cuối cùng không đáp ứng quy trình công nghệ theo đúng đăng ký cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện sản xuất phân bón với cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền. 

Đối với một trong các hành vi vi phạm: Không thực hiện thử nghiệm đánh giá chất lượng của từng lô phân bón thành phẩm trước khi đưa phân bón ra lưu thông trên thị trường; không thực hiện thu hồi phân bón theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền thì sẽ bị phạt tiền từ 25.000.000 đồng đến 30.000.000 đồng; phạt tiền từ 60.000.000 đồng đến 70.000.000 đồng đối với hành vi sản xuất phân bón có yếu tố hạn chế vượt mức giới hạn tối đa. Mức phạt tiền đến 80.000.000 đồng đối với hành vi vi phạm quy định về Giấy chứng nhận đủ điều kiện sản xuất phân bón/Giấy phép sản xuất phân bón; phạt tiền từ 80.000.000 đồng đến 90.000.000 đồng đối với hành vi sản xuất phân bón không có Quyết định công nhận phân bón lưu hành tại Việt Nam có giá trị dưới 200.000.000 đồng hoặc thu lợi bất chính dưới 100.000.000 đồng trừ trường hợp sản xuất phân bón để nghiên cứu, khảo nghiệm; phân bón sản xuất trong khuôn khổ dự án sản xuất thử nghiệm, chương trình hỗ trợ ứng dụng chuyển giao tiến bộ kỹ thuật và công nghệ trong thời gian thực hiện dự án, chương trình.

Đối với hành vi sản xuất phân bón không có Quyết định công nhận phân bón lưu hành tại Việt Nam có giá trị  200.000.000 đồng trở lên hoặc thu lợi bất chính từ 100.000.000 đồng trở lên trừ trường hợp sản xuất phân bón để nghiên cứu, khảo nghiệm; phân bón sản xuất trong khuôn khổ dự án sản xuất thử nghiệm, chương trình hỗ trợ ứng dụng chuyển giao tiến bộ kỹ thuật và công nghệ trong thời gian thực hiện dự án, chương trình thì người có thẩm quyền đang thụ lý vụ việc phải chuyển ngay hồ sơ vụ vi phạm sang cơ quan tiến hành tố tụng hình sự để truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định; trường hợp cơ quan tiến hành tố tụng có quyết định không khởi tố vụ án hình sự, quyết định hủy bỏ quyết định khởi tố vụ án hình sự, quyết định đình chỉ điều tra hoặc quyết định đình chỉ vụ án, nếu hành vi có dấu hiệu vi phạm hành chính thì phạt tiền từ 90.000.000 đồng đến 100.000.000 đồng.

Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày ký ban hành, trừ khoản 4 Điều 7 của Nghị định này sẽ có hiệu lực thi hành từ ngày 20 tháng 9 năm 2020 đối với tổ chức, cá nhân đã và đang hoạt động buôn bán phân bón trước ngày 20 tháng 9 năm 2017.