Theo đó, nguồn tài chính của đơn vị gồm: Nguồn thu phí được để lại chi theo quy định của pháp luật phí, lệ phí; nguồn thu từ hoạt động dịch vụ; nguồn ngân sách nhà nước cấp các nhiệm vụ không thường xuyên (nếu có); các nguồn thu hợp pháp khác theo quy định của pháp luật.

Về chi thường xuyên, các Cục: Bảo vệ thực vật, Thú y, Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản được chủ động sử dụng nguồn tài chính quy định nêu trên để chi cho hoạt động thường xuyên như chi tiền lương, tiền công, phụ cấp lương, các khoản đóng góp theo lương; tiền thưởng, phúc lợi tập thể và các khoản thanh toán khác cho cá nhân. Khi Nhà nước điều chỉnh tiền lương, đơn vị tự bảo đảm tiền lương tăng thêm từ nguồn thu của đơn vị, ngân sách nhà nước không cấp bổ sung; chi hoạt động chuyên môn, nghiệp vụ, chi quản lý;...

Đối với các nội dung chi đã có định mức chi theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, căn cứ vào khả năng tài chính, đơn vị được quyết định mức chi cao hơn hoặc thấp hơn mức chi do cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành và được quy định trong quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị.

Đối với các nội dung chưa có định mức chi theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, căn cứ tình hình thực tế, đơn vị xây dựng mức chi cho phù hợp và được quy định trong quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị.

Về chi nhiệm vụ không thường xuyên, đơn vị chi theo quy định của Luật ngân sách nhà nước và pháp luật hiện hành đối với từng nguồn kinh phí.

Hàng năm phải quyết toán thu chi theo quy định. Sau khi quyết toán thu, chi đúng chế độ, số tiền phí được trích để lại chưa chi trong năm được chuyển sang năm sau để tiếp tục chi theo chế độ quy định.

Quyết định cũng quy định rõ về phân phối kết quả tài chính. Theo đó, sau khi hạch toán đầy đủ các khoản chi phí, nộp thuế và các khoản nộp ngân sách nhà nước khác theo quy định, phần chênh lệch thu lớn hơn chi (nếu có), đơn vị được sử dụng theo trình tự sau:

1. Trích lập các Quỹ: Trích tối thiểu 25% để lập Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp; trích lập Quỹ bổ sung thu nhập: Mức trích tối đa không quá 3 lần quỹ tiền lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp lương do Nhà nước quy định; trích lập Quỹ khen thưởng và Quỹ phúc lợi tối đa không quá 3 tháng tiền lương, tiền công bình quân thực hiện trong năm của đơn vị; trích lập Quỹ khác theo quy định của pháp luật.

Việc sử dụng các Quỹ do thủ trưởng đơn vị quyết định theo quy chế chi tiêu nội bộ và phải công khai trong đơn vị. Phần chênh lệch thu lớn hơn chi còn lại (nếu có) sau khi đã trích lập các quỹ theo quy định được bổ sung vào Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp.

2. Sử dụng các Quỹ:

- Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp: Để đầu tư xây dựng cơ sở vật chất, mua sắm trang thiết bị, phương tiện làm việc; phát triển năng lực hoạt động; áp dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật công nghệ; đoàn ra; đào tạo nâng cao nghiệp vụ chuyên môn cho người lao động trong và ngoài nước; góp vốn liên doanh, liên kết với các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước để tổ chức hoạt động dịch vụ phù hợp với chức năng, nhiệm vụ được giao theo quy định của pháp luật và các khoản chi khác (nếu có);

- Quỹ bổ sung thu nhập: Để chi bổ sung thu nhập cho người lao động trong năm và dự phòng chi bổ sung thu nhập cho người lao động năm sau.Việc chi bổ sung thu nhập cho người lao động trong đơn vị được thực hiện theo nguyên tắc gắn với số lượng, chất lượng và hiệu quả công tác. Hệ số thu nhập tăng thêm tối đa không quá 3 lần quỹ tiền lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp lương do Nhà nước quy định;

- Quỹ khen thưởng: Để thưởng định kỳ, đột xuất cho tập thể, cá nhân trong và ngoài đơn vị (ngoài chế độ khen thưởng theo quy định của Luật thi đua, khen thưởng) theo hiệu quả công việc và thành tích đóng góp vào hoạt động của đơn vị. Mức thưởng do thủ trưởng đơn vị quyết định theo quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị;

- Quỹ phúc lợi: Để xây dựng, sửa chữa các công trình phúc lợi; chi cho các hoạt động phúc lợi tập thể của người lao động trong đơn vị; trợ cấp khó khăn đột xuất cho người lao động; chi thêm cho người lao động thực hiện tinh giản biên chế theo quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị.

Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15 tháng 7 năm 2020, được áp dụng cho các năm ngân sách 2019 - 2020. Quyết định này thay thế Quyết định số 16/2018/QĐ-TTg ngày 23 tháng 3 năm 2018 của Thủ tướng Chính phủ về việc áp dụng cơ chế tài chính đối với Cục Bảo vệ thực vật, Cục Thú y và Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.